Questo tipo di microscopio serve per apprezzare la disposizione delle molecole. La sorgente luminosa, che trasmette radiazioni ultraviolette, eccita il preparato dall'alto, infatti si parla di epifluorescenza. Le componenti del preparato emettono luce di lunghezza d'onda maggiore di quella emessa dalla sorgente luminosa, questo fenomeno è conosciuto come fluorescenza. Gli obiettivi usati per questo tipo di osservazione sono quelli a fluorite.